منظور از دانشگاه های غیرانتفاعی، دانشگاه هایی هستند که از بودجه غیردولتی استفاده نموده و به صورت مستقل زیرنظر هیئت امنای دانشگاه اداره می گردند. در این دانشگاه ها، تحصیل غیر رایگان و همراه با اخذ شهریه بوده و دانشجویان از طریق آزمون های سراسری سازمان سنجش آموزش کشور، پذیرش می شوند.
سیستم آموزشی این دانشگاه ها براساس ضوابط وزارت علوم، تحقیقات و فناوری است و مدرک دانش آموختگان توسط دانشگاه و این وزارتخانه صادر می گردد. لازم به ذکر است تعداد محدودی از مراکز غیرانتفاعی وابسته به وزارت علوم، تحت نام دانشگاه هستند و اغلب آن ها موسسات غیرانتفاعی می باشند.